有机肥含有多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。

生物有机肥料是指以微生物的生命活动导致农作物得到特定的肥料效应，而使作物生长茁壮或产量增加的一类制品，其中微生物的生命活动起着关键作用。其跟普通有机肥的区别在于其中含有大量活性微生物。由于微生物的存在，有机肥不仅仅提高了土壤的有机质，提供给作物需要的氮磷钾等必要养分，还能为其中的微生物生长提供温床，微生物分解有机质不仅可以活化矿质元素，还可以产生大量的纤维素酶、脂肪酶等酶类，促成根系周边的有机质变成多肽、氨基酸等营养或信号物质，刺激植物生长，同时微生物的群体菌落形成，还可以有效的抑制有害土壤微生物，减少病虫害，所以生物有机肥的作用要优于普通有机肥产品。